副本挑战是提升实力和获取资源的核心途径，但需要系统性的策略支持。首先需明确副本类型及目标，例如剧情副本侧重剧情还原，试炼副本考验操作技巧，而活动副本则提供阶段性奖励。进入副本前需详细阅读机制说明，避免因目标不清导致资源浪费。同时要关注副本的难度分级，普通、修罗等模式对战力要求和奖励差异显著，需量力而行。战斗前通过忍者情报界面分析敌方属性弱点，这对后续的忍者选择和连招衔接至关重要。
优先选择技能带控制效果的忍者，如树藤缠绕或雪人包裹类技能，能有效打断敌方节奏。远程型忍者在多数副本中容错率更高，但需注意部分BOSS对远程攻击有抗性。组建队伍时要考虑属性互补，例如高爆发忍者配合治疗角色，或控制型忍者搭配AOE输出。特别注意忍者技能的冷却时间和查克拉消耗，避免出现输出真空期。部分副本需针对敌方特性调整阵容，如对空能力不足的阵容难以应对飞行状态BOSS。
BOSS倒地时切忌贪刀，大多数情况下起身会触发霸体反击，应保持距离观察其技能前摇。奥义技能释放期间的无敌帧可规避致命伤害，但需预判敌方高伤害技能的释放时机。当遭遇多波次敌人时，优先清理具备控制能力的小怪，避免被连招压制。副本中的地形障碍可用来阻断敌方冲锋或规避弹道攻击，但部分BOSS技能会破坏场景元素。灵活运用替身术和闪避能重置战斗节奏，尤其在对抗连续技较强的敌人时尤为关键。
通灵兽和秘卷技能是重要的战术补充，建议将控制类秘卷与主力输出技能形成连携。道具使用要精准计算增益持续时间，攻击强化类道具建议留在BOSS破防阶段。团队副本中需明确分工，指定队员负责吸引仇恨或解除异常状态。若多次挑战失败，应回看战斗记录分析具体败因，可能是战力不足、技能衔接失误或机制理解偏差。保持平和心态尤为重要，部分高阶副本需要反复练习才能掌握完美格挡和反击的时机。
